Dans tous les cas, la conservation du prélèvement ne devrait pas excéder deux heures entre la miction et l’examen microscopique des cristaux afin d’éviter la formation in vitro de cristaux pendant la période de conservation. En pratique courante, la première urine du réveil est sans doute le meilleur prélèvement pour évaluer, au travers de la cristallurie, les principaux facteurs métaboliques cristallogènes et potentiellement lithogènes. Le choix du prélèvement et la phase préanalytique qui précède l’examen sont particulièrement critiques pour la validation des résultats au plan clinique.
La distinction entre une cristallurie « physiologique » et une cristallurie « pathologique » tient à la reconnaissance des différents critères qui la caractérisent : pH de l’urine, nature des cristaux, faciès cristallin, abondance, agrégation, mais aussi fréquence de la cristallurie appréciée par la répétition de l’examen sur des prélèvements sériés et, bien entendu, au contexte clinique (lithiase, néphrocalcinose, altération de la fonction rénale). Cependant, la cristallurie n’est pas en soi un marqueur pathologique. Elle est la conséquence d’une sursaturation urinaire excessive à l’origine de complications rénales telles que lithiase, néphrocalcinose, insuffisance rénale aiguë ou chronique susceptible d’évoluer vers le stade terminal. La cristallurie désigne la présence de cristaux dans les urines.
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